Велька Фатра належыць да найбольш шырокіх і тыповых цэнтральных горных масіваў Славакіі, дзе захавалася разнастайнае і мала парушанае прыроднае асяроддзе. Гранітнае ядро выходзіць на паверхню толькі ў раёне Смрэкавіцэ і Любочнянскай даліны. Астатняя тэрыторыя пабудавана пераважна асаджанымі мезазойскімі пародамі.
Рэльеф Вялікай Фатры моцна фрагментаваны з вялікім дыяпазонам вышынь. Гэты градыент вышыні адносіць яго да высокіх гор Славакіі. Высокая галоўная града з хрыбтамі, мякка сфарміраванымі ў паўднёвай частцы, уяўляе сабой высокі альпійскі рэльеф. Рэльеф Бральнай Фатры, утвораны комплексамі чоцкай коўдры, рэзка кантрастуе з ёй. Тут створаны ландшафтныя карставыя з'явы, такія як скальныя сцены, прыступкі, вокны і каньёнападобныя даліны. Гэтая частка ўключае ў сябе найбольш вядомыя даліны, такія як Гадэрская, Блатніцкая, Белянская і Быстрыцкая. Сярод найбольш вядомых пячор Мажарна, Еленецкая, Горна і Долна Туфна. Дзякуючы перасечанаму рэльефу і разнастайнаму геалагічнаму фону тут захаваліся раслінныя супольнасці розных перыядаў пасляледавіковага развіцця. Да рэдкіх супольнасцей адносяцца рэшткі рэліктавых балот на вапняковых абрывах. Рэдкі рэлікт нашай флоры, скунс кусцісты, знаходзіцца адзінае месцазнаходжанне ў Славакіі на Тлштэй. Для высокіх суполак галоўнай грады характэрна масавае з'яўленне нарцыса. На тэрыторыі Вялікай Фатры пераважаюць горныя віды жывёл. Да гэтага часу ў ім выяўлена каля 110 відаў гняздуючых птушак і 60 відаў млекакормячых. Са звяроў можна назваць мядзведзя, рысь і ваўка. Тут гняздуецца беркут. Праблемы стварае інтрадуцыраваны альпійскі падвід горнай серны, які пагражае першапачатковай татранскай папуляцыі горнай серны ў НП Нізкія Татры і наносіць шкоду рэдкай скальнай расліннасці Вялікай Фатры.
Найстарэйшым запаведнікам у ахоўнай ландшафтнай зоне з'яўляецца Нацыянальны прыродны запаведнік Гарманецкая цішына (1949), створаны галоўным чынам для аховы троеснага рэлікта звычайнага ціса, які сёння дасягае найбольшай масы ў Цэнтральнай Еўропе ў НП Вялікая Фатра. У цяперашні час ён пашкоджваецца ў асноўным аленямі і суцэльным метадам лесааднаўлення, што выклікае яго частковае адступленне.
