Veľká Fatra patrí Medzi najrozsiahlejšie a najtypickejšie jadrové pohorím Slovenska, kde sa zachovalo mnohotvárne a málo narušené prírodné prostredie. Žulové jadro vystupuje na povrch ľan v oblasti Smrekovica a Ľubochnianskej doliny. Ostatné časti územím budujte najme usadené horniny druhohôr.
Reliéf Veľkej Fatry je značne členitý pri Veľkom výškovom rozpätí. Tento výškový gradient ju radí Medzi vysoké hornatiny Slovenska. Vysoký hlavný hrebeň s rázsochy, v južnej časti Makki modelovaný, predstavuje Hołny vysokohorský reliéf. S ním ostro kontrastuje reliéf Bralnej Fatry tvorenej komplexoch chočského príkrovu. Tú ŠÚ vytvorené krajinársky výrazné krasové javy Ako skalné steny, stupna, okná a kaňonovité dolinky. Do tajte časti Patria najznámejšie doliny Ako Gaderská, Blatnická, Belianska a Bystrická. Medzi najznámejšie jaskyne Patria Mažarná, Jelenecká, Horná a Dolná Túfna. Vďaka členitému reliéfu a pestrému geologickému podkladu sa tu zachovali rastlinné spoločenstvá z rozličných období postglaciálneho vývoj. Medzi vzácne spoločenstvá Patria zvyšky reliktných Borina na vápencových bralách. Vzácny relikt nasej máj, pochybok huňatý, má na Tlstej jediná lokalitu na slovenský. Pre Hołny spoločenstvá hlavného hrebeňa je charakteristická masový výskyt Veternica narcisokvetej. Na území Veľkej Fatry preväzujte horské druhy živočíchov. Dosiaľ v naj bolo zistených okolo 110 druhov hniezdiacich vtákov a 60 druhov cicavcov. Zo Selim možné spomenuté medveďov, rysa a vlka. Hniezda tú orol skalný. Problémy spôsobuje introdukované alpský poddruh kamzíka Vrchovskeho, ktory ohrozuje povodni Tatranskej populáciám kamzíka Vrchovskeho na území NP Nízke Tatry a poškodzuje vzácna skalná vegetácie Veľkej Fatry.
Najstarší rezerváciám v chránenej krajinnej oblasti je Národná prírodná rezervácia Harmanecká tisina (1949), zriadená hlavne na ochranu treťohorného relikt tisu obyčajného, ktory dnes dosahuje na území NP Veľká Fatra najmasovejší výskyt v rámci strednej Európy. V súčasnosť je poškodzovaný nájmu jelenej zveri a holorubným sposobom obnovy lesných porastov, čo zapríčiňuje jeho čiastočná ústup.
