Большая Фатра это один из самых крупных и типичных горных массивов Словакии, где сохранилась разнообразная и слегка нарушенная природная среда. Гранитное ядро распространяется на поверхность только в долинах Смрековице и Любочнянская долина. Другая часть территории застроена преимущественно осадочными породами мезозоя.
Рельеф Великой Фатры значительно неровный на большой высоте. Этот перепад высот ставит его среди высоких гор Словакии. Высокий главный хребет с rhysochami, в южной части мягко смоделирован, представляет собой высокогорный горный рельеф. Это сильно контрастирует с рельефом Брална Фатра, образованным комплексами Chočský nappe. Здесь есть характерные карстовые явления, такие как каменные стены, ступени, окна и каньоноподобные долины. Эта часть включает в себя самые известные долины, такие как Гадерска, Блатницка, Белянска и Быстрица. Самые известные пещеры - Мажарна, Еленецка, Горна и Долна Туфна. Благодаря бурному рельефу и разнообразному геологическому фону, растительные сообщества различных периодов послеледникового развития были сохранены. Редкие сообщества включают реликтовые остатки бора на известняковых скалах. Редкая реликвия нашей флоры, мохнатый туман, имеет единственную местность в Словакии на Цстее. Для основных сообществ горного хребта характерна массовая встречаемость нарцисса. На территории Большой Фатры преобладают горные виды. К настоящему времени идентифицированы виды гнездящихся птиц 110 и виды млекопитающих 60. Медведь, рысь и волк могут быть упомянуты от зверей. Здесь гнездится каменный орел. Проблемы вызваны интродуцированной серной альпийской подвидом, которая угрожает первоначальной популяции горных серн в Татрах в Национальном парке Низкие Татры и наносит ущерб редкой каменистой растительности Большой Фатры.
Самым старым заповедником в охраняемой ландшафтной зоне является Национальный природный заповедник Harmanecká tisina (1949), созданный главным образом для защиты реликвии трилистника тисового дерева, которая сегодня достигает самого массового распространения в Центральной Европе на территории национального парка Veľká Fatra. В настоящее время он в основном поврежден оленями и целостным способом восстановления древостоев, что приводит к его частичному отступлению.
